異星人犯罪者を秘密裏に駆除する特殊部隊・ガッチャマン。
その存在はフィクションとして、市民からは実在を否定されていた。
2015年初夏。
日常に物足りなさを感じていた女子高生、一ノ瀬はじめは、突如目の前に現れたJ・J・ロビンソンより謎の手帳『NOTE』を授かり、フィクションであるはずの戦士・ガッチャマンとなる使命を受ける。
予感を頼りに学校を飛び出したはじめは、そこでガッチャマンとして戦う・橘清音と出会い、フィクションが現実であった事を知る。